Le centre de référence définit les bonnes pratiques de prise en charge de la maladie (ou du groupe de maladies) pour la(les)quelle(s) il a été labellisé.

• Il élabore ou adopte les recommandations ou protocoles de soins permettant de favoriser les bonnes pratiques de prise en charge des malades (dont les Protocoles Nationaux de Diagnostic et de Soins).
• Il élabore des procédures encadrant l’annonce du diagnostic et présentant l’évolution de la pathologie.
• Il organise la diffusion et la mise en œuvre de ces recommandations, protocoles et procédures au sein de la filière de soins qu’il anime.
• Il évalue les recommandations, protocoles et procédures, leur diffusion et leur mise en œuvre dans la filière de soins qu’il anime